在眾多的菌種保藏方法中，冷凍真空干燥法所提供的低溫、真空條件，可使所保藏的菌種保藏更長的時間。例如，王永成等人對布氏菌株的凍干進行了研究，將凍干保存了14～19年的11株布氏菌株接種、培養后，對其進行觀察，全部存活。另有報道稱凍干保存鼠疫菌25年。
而且在凍干菌株被使用時，只需提供水分使之復水即可再生，方便實際應用。凍干菌株保藏效果也較其他方法優越。
邵偉等人研究了醋酸菌菌種的凍干。將30℃培養2～3天的醋酸菌斜面，分別用3mL的5%、10%和20%的無菌脫脂牛奶洗下，制成菌懸液，充分混勻，用無菌吸管加入無菌安瓿管中。并將它們分2組分別置于-30℃或-60℃預凍2h,然后取出進行冷凍干燥。
冷凍干燥機接通電源后，在溫度降至-40℃時，放入裝有菌體的安瓿管，開啟真空泵，凍干機經過3～5min溫度降至-55℃，待真空表讀數穩定不變后，保持4～8h,然后，將安瓿管封口保存。將經不同方式處理的醋酸菌保藏種置于4~10℃保藏一年后取出，用無菌生理鹽水溶解制成菌懸液，稀釋成不同濃度，再分別涂布于3個培養皿，培養72h觀察計數，取其平均值。預凍溫度對凍干菌的影響見圖5-1。
圖5-1表明，從細胞存活數的計數統計來看，-60℃預凍的效果相對要好。這是因為菌懸液在-30℃預凍時，其溫度已降到冰點以下，但結冰不夠堅實，真空干燥時易使菌懸液沸騰，菌體細胞受損失較多。而在-60℃預凍時，結冰速率大且堅實，細胞損傷較少。
圖5-2是-60℃預凍并凍干的醋酸桿菌，經不同保藏方式，在不同保藏時間后的活菌數比較。
圖5-2表明，醋酸菌在一年的保藏期內，凍干保藏的菌種其產酸能力下降較少，基本能保持穩定，而斜面保藏和液體保藏的菌種其產酸能力下降梯度大。可見，用冷凍干燥法保藏的醋酸菌在保持產酸能力方面有明顯的優勢。
